民国16年（1927年），倪慰农辞职回黎里，在老宅店面开设杂货铺“萃英商号”，创办农业试验场“慰农学圃”，引进推广蕃茄、包心菜、白猪、长毛兔，试种水稻亩产达430公斤。每天，他将气象预报抄在黑板上，挂在街头，一直坚持到解放后。抗日战争爆发后，他先流亡到浙江安吉，后回乡做小买卖度日，坚持不与汉奸合作。
解放后，倪慰农跟着时代走，为支援解放军解放上海，他一次献粮60石。土改前，他将自己所有农具.农船并新买一头牛献给农会。1956年，当选为吴江县人民代表大会代表，又任县政协委员。他在黎时中学任教，教植物学，将家后园蔬菜地，无偿赠给学校作为实验园地。1961年冬，病逝于黎里，著有《中等农业气象学》.《新屯垦法》等。
